Từ đầu thế kỷ XXI đến nay, có nhiều di sản tưởng nhớ Marsha P. Johnson, như là một biểu tượng đáng kính của cộng đồng LGBT thế giới.[50]

Năm 2012, bộ phim tài liệu Pay It No Mind – The Life and Times of Marsha P. Johnson có rất nhiều phân đoạn từ cuộc phỏng vấn năm 1992 với Johnson, được quay ngay trước khi Johnson qua đời. Nhiều người bạn của Johnson từ Làng Greenwich được phỏng vấn cho bộ phim tài liệu.

Johnson được chọn là một nhân vật trong phim truyền hình giả tưởng dựa trên thực tế, gồm Stonewall (2015), Otoja Abit đóng vai Johnson[51] và Happy Birthday, Marsha! năm 2016, Mya Taylor đóng vai Johnshon. Cả hai bộ phim đều có kịch bản sáng tạo lấy cảm hứng từ Bạo loạn Stonewall 1969.

Năm 2017, phim tài liệu The Death and Life of Marsha P. Johnson,[52] hướng tới ủng hộ Victoria Cruz, người phụ nữ chuyển giới đang thực hiện Dự án Chống bạo lực, cũng như điều tra nguyên nhân cái chết của Johnson. Giống như phim tài liệu Pay It No Mind, bộ phim tài liệu 2017 này dựa trên ghi chép và phỏng vấn thực tế.

Nghệ sĩ thành phố New York là Anohni đã tổ chức nhiều cuộc biểu diễn tưởng nhớ Johnson, thực hiện bao gồm ban nhạc pop baroque Antony and the Johnsons (được đặt tên theo danh tính của Johnson), một vở kịch năm 1995 về Johnson, là The Ascension of Marsha P. Johnson (sự thăng thiên).[53]

Drag queen nổi danh RuPaul đã luôn gọi Johnson là người truyền cảm hứng, tưởng nhớ về bà như là the true Drag Mother (người Mẹ của drag). Trong một tập của chương trình truyền hình thực tế RuPaul's Drag Race năm 2012, RuPaul đã nói với các thí sinh rằng: Johnson đã mở đường cho tất cả chúng ta.[54]

Năm 2018, The New York Times xuất bản một cáo phó muộn màng cho Johnson.

Năm 2019, tại Dallas, Texas, nhân dịp kỷ niệm 50 năm Bạo loạn Stonewall 1969, một bức tranh tường lớn vẽ mô tả Johnson và Sylvia Rivera đã được trưng bày tại. Bức tranh vẽ hai người tiên phong của phong trào đòi quyền của người đồng tính trước lá cờ của người chuyển giới (Transgender flags). Đây được xem là bức tranh tường lớn nhất thế giới nhằm tôn vinh cộng đồng người chuyển giới.[55]

Vào ngày 30 tháng 05 năm 2019, cộng đồng chuyển giới thông báo rằng Johnson và Sylvia Rivera sẽ được vinh danh với các di tích tại Làng Greenwich,[56] gần địa điểm của câu lạc bộ Stonewall. Việc xây dựng dự kiến sẽ hoàn thành vào năm 2021.[57] Những di tích của Johnson và Rivera sẽ là nơi đầu tiên trên thế giới tôn vinh các nhà hoạt động vì cộng đồng LGBT.[58]

Vào ngày 31 tháng 05 năm 2019, tại phố Houston, thành phố New York, sự kiện Stonewall 50 – WorldPride NYC 2019 được tổ chức. Các nghệ sĩ queer đường phố là Homo Riot và Suriani đã tạo ra một bức tranh tường dành riêng cho sự kiện, có nhiều hình ảnh của Johnson.[59]

Vào tháng 06 năm 2019, Johnson là một trong 50 người tiên phong, người ký ức và người anh hùng của Mỹ được giới thiệu trên Bức tường danh dự LGBTQ Quốc gia Hoa Kỳ (National LGBTQ Wall of Honor) trong Đài tưởng niệm Stonewall Quốc gia (SNM) tại thành phố New York.[60][61] SNM là tượng đài quốc gia đầu tiên của Hoa Kỳ dành riêng cho quyền và lịch sử LGBTQ,[62] được khánh thành trong lễ kỷ niệm 50 năm của cuộc bạo loạn Stonewall.[63]

Vào ngày 01 tháng 02 năm 2020, Thống đốc Andrew Cuomo của tiểu bang New York quyết định đổi tên Công viên sông Đông ở Brooklyn thành Công viên Marsha P. Johnson (Marsha P. Johnson State Park) để vinh danh Johnson. Đây sẽ là công viên tiểu bang New York đầu tiên được đặt theo tên của một người LGBT.[64][65]

Ngày 30 tháng 06 năm 2020, Google tưởng nhớ Johnson tại Google Doodle.[66]